In una ciotola capiente, setaccia la farina. In un'altra ciotolina, sciogli il sale in un goccio d'acqua preso dalla dose totale. Nell'acqua restante, sciogli il malto, il lievito e unisci l'olio. Versa il liquido nella farina e inizia a impastare con le mani, unendo anche l'acqua salata. Lavora per almeno 10 minuti finché non ottieni un impasto liscio ed elastico, che si stacca dalle mani.

Forma una palla con l'impasto, ungila leggermente con olio e mettila in una ciotola unta. Copri con pellicola e lascia lievitare in un posto tiepido per 2 ore, finché non raddoppia di volume. Dovrebbe diventare soffice e gonfia.

Sciacqua le acciughe sotto l'acqua fredda per togliere il sale in superficie. Mettile in una ciotola con acqua fredda e lasciale in ammollo per 2-3 ore, cambiando l'acqua ogni mezz'ora. Poi aprille delicatamente, togli la lisca e le interiora. Asciuga i filetti su carta assorbente.

Sbuccia le cipolle, tagliale a metà e affettale sottilmente. In una padella antiaderente, scalda l'olio, aggiungi le cipolle, l'aglio schiacciato, il timo e l'alloro tritati, lo zucchero e una macinata di pepe. Copri con il coperchio e cuoci a fuoco bassissimo per 30 minuti, mescolando di tanto in tanto. Le cipolle devono diventare traslucide e dolci, non dorate. Se si attaccano, sfuma con un po' d'acqua calda.

Stendi l'impasto lievitato su una teglia unta o foderata con carta forno, formando uno spessore di circa 1 cm. Distribuisci uniformemente le cipolle cotte. Disponi sopra i filetti di acciughe a losanga, le olive nere snocciolate e i capperi sciacquati. Spennella un filo d'olio sui bordi.

Inforna la pissaladière in forno già caldo a 220°C per 20-25 minuti, finché i bordi non sono dorati e croccanti. Sforna e lascia intiepidire prima di tagliare a quadretti.